Как то можно заставить комп с Федорой 16 на борту использовать именно HDMI видеовыход

Опцией ядра: video=HDMI-1:e
Точное название видеовыхода см. в /sys/class/drm/ (при подключении напрямую)
Подробности в Documentation/fb/modedb.txt
P.S. Сомневаюсь, что это тебе поможет.

А есть мысля что может помочь? Биос с под Линукса прошить никак? ну или хотя бы узнать какой там сейчас и какая мама, перегружать не дают