Не пользуюсь таким софтом, подробнее не подскажу. Может он там индексирует что-то. По тем скриншотам, что ты приложил - производительность обычная у диска, даже хорошая, если верить atop'у.
замени ext4 на btrfs, ядро поставь поновее из 4 ветки, проверь чтобы btrfs-prog тоже были свежие, а не времён ядра 2.6 . После чего поменяй mbr на gpt, создай отдельные разделы под /boot,/root/,/var,/usr,/opt/,/home,/под проекты. Под всё кроме /boot, сделай свой subvol, почитай что надо прописать в fstab для каждого из разделов, особенно под твои проекты.
Это seagate, он в этом поле хранит 48 битное число. младшие биты - полное количество операций, старшие биты - количество операций с ошибкой. Его так смотреть нужно:
Первые 4 символа. Как видишь, ошибки у тебя по нулям.
Про то, что диск был занят чтением огромного количества мелких файлов, уже сказали.
При нагрузке крупными блоками диск показывает максимальную bandwidth ( MB/s, а IOPS будет незначительный ), при нагрузке мелкими блоками диск показывает максимальный IOPS ( при этом Mb/s будут незначительными )
А ты знаешь как перцы из фейсбука использовали btrfs? Они использовали эту замечательную ФС для хранения кэша, потеря которого ровным счётом никак не сказывается на целостности данных.