Aptitude и Synaptic живут в параллельных мирах

>> И он мне предложил к установке стопицот пакетов, которые я давно удалил.

Aptitude не предлагает что-то установить без причины. Узнать причину можно командой why.

На самом деле, заголовок темы отвечает на все вопросы, потому что Synaptic — не оболочка над aptitude, а значит, совместно использовать их не следует.