[tar] файл изменился во время чтения

Вы написали файл исключений ?

.bash_history
/dev/*
/mnt/*
/tmp/*
/proc/*
/sys/*
/usr/src/*
/usr/portage/*
/путь/для/сохранения/stage4.tar.bz2

Но здесь предполагается что в системе вы находитесь в домашнем каталоге root и ни один другой пользователь в системе не «залогинен» и от него ни чего не запущено, т.е. вы работаете не через sudo параллельно сидя в internet или слушая музыку под другим пользователем, если это так то добавьте в файл исключения /home.

А по поводу архива - он скорее всего битый, в случае изменения файлов, создания нового файла в директориях, которые архивируются процесс архивации останавливается.

Если не можете соблюсти все условия - то делайте stage4 с livecd.