FluxBox&Keyboard

дык настрой переключение в конфиге X-ов или поставь чё-нить вроде xruskb

а причем сдесь flux?

как и везде в XF86Config:

Section "InputDevice"
Identifier "Keyboard0"
Driver "keyboard"
Option "XkbRules" "xfree86"
Option "XkbModel" "pc104"
Option "XkbLayout" "ru"
Option "XkbOptions" "grp:ctrl_shift_toggle"
EndSection