Ничего сложного тут, конечно, нет. Больше забавного :)
Был взят пакет с питоном из distfiles и просто собран руками бинарник, с помощью которого был запущен emerge python. Это gentoo-way, а можно было и сразу скачать бинарник, как выше подсказывали.
ну glibc я не удалял, а вот emerge -C gcc — делал. где-то на gentoo-wiki даже есть страничка специальная, с описанием как восстанавливаться без лишних телодвижений.