Очень похоже, что 5% ёмкости диска зарезервированы для рута. На локальной системе копировали под рутом? Если да, то:

man tune2fs

искать (кнопка /) superuser

Первая цифра - показывает должна ли система дампаться, вторая определяет порядок в котором будет выполнятся фсчек после ребута. А что, "man fstab" не пашет?.

> На локальной системе копировали под рутом?
Копировал под рутом, но на другой системе.

> искать (кнопка /) superuser
Search failed: superuser

Насколько я понимаю, за это отвечает опция:
-m reserved-blocks-percentage

Если я здесь укажу 0%, скажется ли это на фрагментации и безопасности хренения данных, если на данном разделе я не храню каких-либо системных файлов?

>> искать (кнопка /) superuser

>Search failed: superuser

Гм. Я почему-то был уверен, что reserved for superuser, ну да ладно. Надеюсь, это всё-таки склероз, а не маразм. Опция правильная, да.

Вопрос про 0% интересный, вообще не должно бы ничего сломаться, раз рут туда всё равно не пишет. Но точно не скажу.

>Если я здесь укажу 0%, скажется ли это на фрагментации и безопасности хренения данных, если на данном разделе я не храню каких-либо системных файлов?

насчёт фрагментации не знаю, а на безопасности не скажется.

> Если я здесь укажу 0%, скажется ли это на фрагментации

Да. И на производительности тоже (ФС будет весьма долго думать, где же взять свободный
блок).

Ок, всем списибо: выставил -m в 1%, теперь свободное пространство показывает правильно.

Вообще же у меня частенько диски заполнены под завязку, может быть в этом случае лучше посмотреть в сторону других файловых систем, например xfs или jfs? Будет ли на них лучше ситуация с фрагментацией?
Уже пробовал ReiserFS - не понравилось то, что долго проходит процесс подключения диска: слишком долго оно чего-то там толи проверяет, толи индексирует.

Пользуюсь jfs для хранения данных и для корневой. Значительно быстрее, чем ext3, меньше потребляет ресурсов, весьма надежна. По сумме параметров - идеальный вариант для любых ситуаций. Так что, только выиграешь от перехода на нее.

> Пользуюсь jfs для хранения данных и для корневой. Значительно быстрее, чем ext3,

Нашли с чем сравнивать. Любая вменяемая ФС значительно быстрее, чем ext3.

> меньше потребляет ресурсов, весьма надежна. По сумме параметров - идеальный
> вариант для любых ситуаций.

Некоторое время держал файлопомойку на JFS. Фрагментируется она -- мама не горюй,
и при этом сильно теряет в производительности. Единственный способ борьбы с этой
бедой -- backup && restore. Так что ну ее в пень.

Евреи, не жалейте заварки. (C)

Дались Вам эти 5%...

> Вообще же у меня частенько диски заполнены под завязку, может быть в этом
> случае лучше посмотреть в сторону других файловых систем, например xfs
> или jfs? Будет ли на них лучше ситуация с фрагментацией?

Нет, будет еще хуже. Вбобавок, еще и производительность будет сильно
падать (особенно при записи).