где нужно прописать modprobe emu10k1 чтобы выполнялось при запуске?

Гхм. А зачем?
Не прописывал, как рекомендовано в документации?
(alsa или emu-драйвера?)

это зависит от дистрибутива

/etc/conf.modules ili /etc/modules.conf - zavisit ot distributiva dobavit':

alias sound-slot-0 emu10k1

Udachi! Re/Birth