Аналог Soft Organizer в linux

Какой дистрибутив? Вообще подобное пакетные менеджеры и делают.

Такого нет. Установка пакета может включать в себя выполнение произвольных скриптов и программ.

Можно использовать докер, установить там программу и посмотреть в получившийся слой.

Зачем докер, если можно / в overlayfs смонтировать? Если нужно не постоянно отслеживать, а чисто проверить конркетный пакет, то можно базовую систему куда-нибудь разархивировать и chrootнутся в оверлей. Это помимо самописных велосипедов на inotify

rpm

sudo dnf history