проблемы с latexmk

Мало информации, чтобы помочь. Вероятно, вместо запуска latexmk непонятно из какой текущей директории надо предварительно сделать cd в директорию с исходными текстами и там уже собирать.

cd не помогает. Система Manjaro XFCE edition, сегодня обновился (до обновления всё так же было). Поставил все пакеты относящиеся к TeXlive что нашёл. Не знаю какая инфа ещё может помочь.

Мусор - это индексные файлы списка литературы, рисунков и т.д., они остаются т.к. могут быть использованы повторно. Знаки вопроса, скорее всего, - это нумерация объектов при первом проходе (latexmk как раз автоматизирует повторную сборку, чтобы в итоговом документе не было знаков вопросов в ссылках). Таким образом всё норм, могу посоветовать сделать сборку через Makefile, где прописать make clean с удалением мусора.

Эти знаки вопроса требуют каждый раз жать энтр, я тупо энтер зажимаю и оно всё компилит, я думал опция -f как раз от этого должна избавлять.

Читай сообщение при остановке. Это ошибки сборки, документ в чем-то не корректный получается.