как в линукс скрыть наличие в системе некоторых программ?

Также, appimage, если есть. Иначе статику самому собирать.

Тут чтобы нормально посоветовать нужно понимать задачу целиком. Но в целом не стоит тянуть привычки из Windows.

Просто запиши свой кали-линукс на флешку, либо грузись с нее, либо чрутайся просто в систему с нужным софтом. Флешку тоже зашифровать например можно.

Внезапно, но портативный софт и в Linux существует, и никто не мешает его прятать так же. Ну и chroot, действительно.

можете описать подробнее , или может ссылку на инструкцию сбросить

меня интересует использование в портативном режиме в криптоконтейнере такие пакеты телеграм,пиджин,торбраузер

Мамкин куллхацкер?

можете описать подробнее , или может ссылку на инструкцию сбросить

Какую инструкцию? Установленное мимо пакетного менеджера в базе пакетов отсутствует. Установить это можно, в принципе, в любой каталог, хотя правильно в /opt, либо в свой хоум. В каталог может быть смонтирован и образ диска, а монтировать можно в момент необходимости. Вариантов вагон и маленькая тележка.

/opt - это для всех пользователей системы.
А только для текущего есть специальная директория и называется она /usr/local

А только для текущего есть специальная директория и называется она /usr/local

Это не так.

А только для текущего есть специальная директория и называется она /usr/local

Как когда-то говорили в этих ваших интернетах, это вызывающе неверная информация.

https://refspecs.linuxfoundation.org/FHS_3.0/fhs/ch03s13.html

https://refspecs.linuxfoundation.org/FHS_3.0/fhs/ch04s09.html

Как уже писали выше, ты сморозил чушь.