11

grub-install -v --no-floppy --boot-directory=«/mnt/boot' --root-directory=»/mnt «/dev/sdX»
раздел с /boot должен быть примонтирован в /mnt (например)

На каком этапе установки это нужно сделать?

когда уже есть система на флешке

хотя, может можно и до. там граб пишет /boot/grub/