LINUX.ORG.RU

Archlinux R RMarkdown

 ,


0

3

Не могу в упор установть rmarkdown с CRAN, хоть убейся. При попытке, он ругается, что надо пересобрать htmltools. При попытке собрать выдает вот такое:

* installing *source* package ‘htmltools’ ...
** package ‘htmltools’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++  -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG  -I"/usr/lib/R/library/Rcpp/include" -D_FORTIFY_SOURCE=2   -fpic  -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fstack-protector-strong -fno-plt  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
In file included from /usr/lib/R/library/Rcpp/include/Rcpp.h:79,
                 from RcppExports.cpp:4:
/usr/lib/R/library/Rcpp/include/Rcpp/Rmath.h: In function ‘double R::pythag(double, double)’:
/usr/lib/R/library/Rcpp/include/Rcpp/Rmath.h:222:57: error: ‘::Rf_pythag’ has not been declared
     inline double pythag(double a, double b) { return ::Rf_pythag(a, b); }
                                                         ^~~~~~~~~
/usr/lib/R/library/Rcpp/include/Rcpp/Rmath.h:222:57: note: suggested alternative: ‘pythag’
     inline double pythag(double a, double b) { return ::Rf_pythag(a, b); }
                                                         ^~~~~~~~~
                                                         pythag
make: *** [/usr/lib64/R/etc/Makeconf:168: RcppExports.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘htmltools’
* removing ‘/usr/lib/R/library/htmltools’
ERROR: dependency ‘htmltools’ is not available for package ‘rmarkdown’
* removing ‘/usr/lib/R/library/rmarkdown’

Господи, есть какой-нибудь нормальный способ завести это дело? gcc-fortran на всякий случай стоит, он, вроде, может исполььзоваться при компиляции

Так, походу окончательно сгорев прозреваешь: чертовы ментейнеры пактов поленились добавить в зависимости Rcpp пакет, который не пересобирался под свежую версию R, как следствие новые версии пакетов не собирались в упор. Так что:

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)

После этого медленно но верно пересобираем те пакеты, которые R считает нужно пересобрать (на самостоятельно, блин, это не делает, хотя и понятно почему, но, надеюсь, меня это не коснется, иначе буду долго рыдать в мучениях). Сипсок пакетов, которые пришлось пересобирать, если надо, могу расписать

JAkutenshi ★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от JAkutenshi

Собственно, список команд:

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
> install.packages("htmltools", dependencies=TRUE)
> install.packages("d", dependencies=TRUE)
> install.packages("backports", dependencies=TRUE)
> install.packages("stringi", dependencies=TRUE)
> install.packages("tufte", dependencies=TRUE)
> install.packages("mime", dependencies=TRUE)
> install.packages("shiny", dependencies=TRUE)
> install.packages("rmarkdown", dependencies=TRUE)
JAkutenshi ★★
() автор топика
Последнее исправление: JAkutenshi (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от JAkutenshi

Еще rstudio будет ругаться на yaml, так что его тоже туда же

> install.packages("rmarkdown", dependencies=TRUE)

Ну и оно заработает. Собственно, Archlinux обновление 15.05.2018 в районе 10 часов по Москве

JAkutenshi ★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от bookman900

А rstudio тоже не мог поставить, но его окошко еще и пропадало тут же с ошибками, которые мне не показывал

JAkutenshi ★★
() автор топика
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.