Нужен инструмент для решения ситуации, аналогичной 1С: Загрузка изменённой конфигурации.
Т.е. необходимо внести изменения структуры таблиц в рабочую базу MySQL, не изменяя данных, имея новый SQL файл выгрузки.
Т.е. утилита должна формировать дельту изменений вида ALTER ...