svn co и игнорирование поддерева папок

Посмотри в конфиге subversion клиента (/root/.subversion/) в разделе [miscellany] параметр global-ignores. Он предназначен для игнорирования файлов по маске, но возможно и с каталогами сработает - попробуй.

С каталогами он работает (в смысле, каталог он будет игнорировать так же, как и файл).

Более того, насколько я помню, есть возможность в разных каталогах иметь разные маски.

на скок я понимаю global-ignores предназначен для

As well as svn status, the svn add and svn import commands also ignore files that match the list.

Про svn co здесь ничего не говорится...

Прошу прощения - был невнимателен и не понял, что оно так лежит непосредственно в репозитории. Попробуй почитать раздел External Definitions в Advanced Topics в redbook. Оно вроде бы заменяет cvs'ные модули, но лично мне двукратного прочтения этого текста не хватило даже для того, чтобы понять, помогает ли эта вещь в твоем случае ;((.

Ну а о том, что у checkout есть ключ non-recursive, дающий возможность достать только нужное в несколько приемов, ты, вероятно, и без меня в курсе.