это compiz в бубунте собран с чем-то нехорошим
он у меня в простое 40% cpu сьедал иногда, просто так, может поставить что-то другое ?
или в дровах дело, какое видео ?
если запустить не в vlc ?
если выбрать другой метод вывода в vlc ?
У меня в XFCE, если входить в полноэкранный режим из максимизированного окна, верхняя панель просто рисуется поверх видео. Если не распахивать окно на весь экран, то полноэкранный режим включается нормально. Думаю, это баг VLC.