Отредактировал. Видимо, оно какие-то не такие пробелы пихало, а у тебя с браузером что-то не то, по идее страница в utf8 приходит и уникодные пробелы должны быть пробелами. Нашёл другой транслит для ibus, тут, вроде, нормальные пробелы.
UIM умеет транслировать несколько символов в один?
А как ты иначе представляешь набор кириллицы латиницей? Конечно умеет, хотя некоторые буквы («щ», например) набираются не самыми распространёнными, IMHO, сочетаниями.
Странно, мне казалось, что там всё на Scheme описано, но транслит не вижу — похоже, он вшит в библиотеку m17n. А вот для японского вроде есть обычные таблицы. В общем, посмотри файлы в /usr/share/uim, я думаю, можно разобраться за разумное время.