К гномовскому наутилусу можно прикрутить скрипты, положив их в ~/.gnome2/nautilus-scripting. Эти скрипты будут исполняться по правой кнопке мыши, а можно ли сделать так, чтобы скрипт исполнялся при смене директории и руководил выводом списка файлов? Т.е. к примеру сделать так, чтобы некоторые файлы не отображались, даже если они не начинаются с точки или же чтобы для некоторых путей имена файлов на лету перекодировались из cp1251 в utf8 для корректного отображения.