Как можно закрыть приложение, так чтобы оно сохранило данные, либо предложило сохранить\отказаться от сохранения. Все сигналы что посылает килл приложение убивают и данные не сохраняются, как я понял.
учите матчасть, используйте NetWM/ICCCM менеджеры, посмотрите на простейшую утилиту wmctrl... в общем случае должны сохраняться (будет выброшено предупреждение) лишь модифицированные данные.
> С оо работает, а у амарока убивает только главное окно, а сам амарок продолжает работать.
Амарок должен уметь закрываться по команде через dcop. Я не помню, но поиск ничего не забывает. Алсо, если убивается только главное окно, а какие-то окна остаются (я не пользую амарок, не знаю как он выглядит, увы) то ты пишешь не те параметры. Сначала напиши wmctrl -l, чтобы получить список всех окон, которыми wmctrl умеет управлять, а потом пиши команду с учетом полученной информации. Алсо читай man wmctrl на предмет <WIN>.