как удалить зависимости пакетов в генту?

Сначала проверь что ничего от гнома не осталось в /var/lib/portage/world.

Затем:

emerge --depclean

пусто(

Dependencies could not be completely resolved due to

• the following required packages not being installed:

• x11-misc/notification-daemon pulled in by:

• virtual/notification-daemon-0
  

пусто что? world-файл пустой? Или --depclean ничего не удаляет? Если не удаляет - значит в world-файле присутствует пакет, который тянет все эти зависимости. Не обязательно непосредственно - например в world-файле есть пакет A, который тянет пакет B, который в свою очередь тянет пакет C. --depclean в таком случае не будет трогать ни B, ни C.

У тебя сломано дерево зависимостей - чини. emerge всю необходимую инфу выдал - не установлен пакет, который тянется виртуальным. Скорее всего ты грохнул что-то вручную, а зависимость от виртуального пакета осталась.

починил. 295 пакетов удаляются. кстати с помощью –depclean можно ли навредить системе? ну скажем я сейчас на i3 сижу. может ли он удалить что-то, что необходимо i3? а то опять эти свистопляски будут с зависимостями

Все эти утилиты пляшут от текстовых файлов где записано, что ты ставил. Так что нет, не поломают, но могут удалить прогу, которую ты используешь, но явно не ставил, она прилетела зависимостью от другой проги. Как пример - нажал ты собрать FF. Он потянул Nodejs. А Nodejs у тебя в Vim используется для поддержки плагинов. Ну так если явно не ставил - прибьёт.

Для людей, которые умеют читать, в инете есть разжеванная документация, например, чтобы показывать подробный выхлоп emerge.
Эта опция работает и в случае –depclean. Клацай и смотри, что он предлагает грохнуть.

–depclean можно ли навредить системе?

Можно,потенциально, поэтому там в самом начале пишут предупреждение смотреть на список и выводить его лучше с параметром -a

Ещё может помочь equery d gdm чтобы посмотреть что его тянет.

qdepends

qdepends - наоборот показывает зависимости пакета.

Ну и сам ломай глаза, а я в этом случае воспользуюсь equery g --depth=1 ...

4.2

qdepends –query

Ну и сам ломай глаза

Чё?

Случайный читатель этого треда просто сравнит вывод и сам всё поймёт.