у меня такая фигня была... мелкие файлы успевали пролетать, а большие -никак! поменяли hub (CNet) на switch (D-Link) и усе! теперь все летает и никаких настроек не производилось.... :) FreeBSD-4.4
Шаманизм однако живет и побеждает, а человеки ленивы и нелюбопытны!!!
В бзде еще одна фича есть - если фтп демон решает, что его слишком часто дергают на отдачу файлов( а это именно и происходит в быстрой локальной сети), то он на какое-то время перестает отвечать на запросы и жалуется в лог - хачат мол нас. Может дело-то в этих самый настройках по умолчанию?