Как вернуть конфигурацию ядра к начальному состоянию?

Спасибо :)

удалить конфиг. сам сконфигурирует от текущего.

Вообще, если запустить make menuconfig при отсутствии конфига, то оно само выставит дефолт, но можно и make defconfig. Но перед этим лучше всего сделать make mrproper.

В том и дело, что после удаления .config запускал - make menuconfig
и все оставалось по прежнему.

то оно само выставит дефол

Оно попытается подтянуть /proc/config.gz (или типа того)

cd /usr/src/linux
make distclean

Понадежнее будет.

А чем это отличается от make clean?

попытается подтянуть /proc/config.gz

Если оно так делает, то удаление конфига без make defconfig действительно ничего не даст.

после удаления все оставалось по прежнему.

Именно поэтому нужно сделать make mrproper — оно удалит бэкапы конфигов и трэш от компиляции.