Установил я тут плагин appindictor support, скомпилил qt4-ubuntu, sni-qt. Для qt приложений все отлично заработало.
Дальше установил gtk2-ubuntu, gtk3-ubuntu, libappindicator-{gtk2,gtk3}.
Для qt приложений все отлично работает, а вот для gtk выводит стандартным методом.
Никто не заморачивался с этим?)