второй апач вроде как пошустрее, потому-что нам(могу ошибаться, конечно в чём-то) на каждый чих пользоваля выделяется новая нить, а в 1.3 - новый процесс.
Но за 2.х надо очень пристально следить, ибо пока дырявый он. Находят дыры в нём часто и часто, соответственно, появляются новые версии, в которых эти дыры латают. Для меня вопрос безопасности был важнее - я остался на 1.3 апаче пока