ускорить прорисовку окон

Первый шаг - выбрать правильный раздел для топика.

И какой там драйвер из коробки? который проприетарный?

Сколько выдаёт gtkperf?
Там всё-таки весьма древняя версия GTK+ и X.org, с Xlib вместо многопоточного XCB. Сам наблюдал весьма немалый прирост в скорости отрисовки после переезда с древнего дебиана на нормальный дистрибутив (правоверную генту) с новыми версиями системных библиотек. Попробуйте какой-нибудь современный livecd линукса, посмотрите, изменилась ли ситуация.
А из конкретных советов:
1. Поменяйте тему GTK. Из самых шустрых и красивых рулит Nimbus, из просто шустрых - Mist.
2. Пошаманьте с опциями драйвера в xorg.conf. Тот же BackingStore, теоретически, может весьма неплохо улучшить ситуацию. В остальном же - man radeon.
3. Попробуйте заюзать тот же xcompmgr или compiz. Composite поможет окошкам не перерисовываться каждый раз, когда они пропадают из «области видимости».
Но да, гтк (а тем более старый гтк) весьма медленен. Хотя те же кути всегда ресайзились/перерисовывались на том же железе без тормозов.

В последних бубунтах на опенсорсных дровах на этой видеокарте все работает просто замечательно. Я серьезно.