du считать скрытые каталоги

du всегда прекрасно считал и считает место, занимаемое каталогами, имена которых начинаются с точки.

Что за ОС? Почему Вы думаете, что он не считает?

патамучта ананимус

du -sk /* не показывает место, занятое скрытыми каталогами. CentOS 5.1

сделай du -sk / без *

без * посчитает только общую сумму занятого места. А мне надо с разбитием на подкаталоги

Ну тогда напиши так

du -sk ./.* ./*