может у него ls по умолчанию с -a выполняется (в ~/.bashrc или /etc/bashrc прописано) или он хочет файлы на нтфс разделе, скрытые от программы «Проводник» (Explorer), скрыть от программы Наутилус?
Как вариант, сложить их в отдельную директорию и отнять у всех права на её чтение. Тогда содержимое директории не будет видно, а доступ к файлам по имени останется.