1. Завести в Самбе пользователя root: smbpasswd -a root
2. Завести в /etc/passwd пользователя win-host$, где win-host это имя виндовой машины, которую хочешь сджойнить в домен: useradd -g machines -s /dev/null -d /dev/null -M 'win-host$'
3. Если на данный момент виндовая машина находится в рабочей группе с тем же именем, что и домен, изменить имя группы на другое, например, TEST. (После чего перезагрузиться.)
4. Если на данный момент виндовая машина находится в рабочей группе с именем, отличным от имени домена, её можно проджойнить через "Сетевую идентификацию", используя логин root и его пароль (введённый при первом шаге).
5. Да, ещё раз, именно root и только он имеет право джойнить машины в домен под управленим Самбы.