Про такие не слышал. А ты уверен, что это безопасно? Софты могут делать свои файлы, про которые пакет не знает. Вряд ли это прям сломает систему, но может привести к неожиданным результатам.
Тут есть нюанс. Некоторые файлы могут быть созданы посредством постустановочных скриптов (например какие-нибудь конфиги) и такая форма может удалить что-то нужное.
Затем получить сортированный список всех файлов из корня, сравнить, выявив лишние, и с каждым файлом внимательно разбираться, откуда он и не был ли он создан каким-нибудь установочным скриптом.
Еще, помимо созданных скриптами (postinst, preinst) или забытых файлов после удаления пакетов, есть файлы или, скорее, каталоги, которые могли быть созданы инсталлятором. Особенно если ставил сто лет назад, а потом накатывал систему. Возможно, дерево /usr/local и подобные места.
UPD. И еще diversions. (см. /var/lib/dpkg/diversions на предмет таких файлов).
UPD. И еще diversions. (см. /var/lib/dpkg/diversions на предмет таких файлов).
И alternatives еще. /var/lib/dpkg/alternatives. В /usr могут оказаться символические ссылки на исполняемые файлы, библиотеки, документацию, которые были созданы в скриптах для системы alternatives. Например, есть /usr/bin/aptitude, но в пакете aptitude его нет, хотя казалось бы. А это символическая ссылка на /etc/alternatives/aptitude, которая в aptitude.postinst создается: