Я делаю так:
Завожу пользователя dos с группой 0 (Эти ключи можно только с правами рута применять).
Ставлю ему home-директорий там, где лежит freedos.
и старт-shall:
dos -cVkg
он запустит dosemu на отдельной консоли со всеми ее прелестями. Пересключиться из нее в другую консоль - Ctrl-Alt-Fn.
В общем смыл в том, чтобы запустить dos с рутовыми правами и с этими ключами.