Вот настроил debug для ndk. Дело это не совсем тривиальное, но вроде работает. Правда пока не получается после си метода вернуться в java код, но думаю и это решаемо. Все это в виртуалочке, но тем не менее.

Debian 6.0.2
Gnome 2.30.1