Дрю Энди (Drew Endy), соуправляющий International Open Facility Advancing Biotechnology (BIOFAB) ведёт разработку нового открытого стандарта языка программирования, пригодного для трансляции в генетическую информацию с целью дальнейшего исполнения на живых клетках.

В настоящий момент проект находится на очень ранней стадии развития. Энди вместе с командой уже разработали основу языка — его грамматику. Последнее достижение, недавно опубликованное в «Science», касалось способа управления процессом воздействия генома на клетку. Энди сравнивает этот процесс со старым телеграфом: как и в случае телеграфа, сигналы, распространяющиеся внутри клетки, могут затухать и теряться. При передаче данных по проводам для их усиления используется специальные ретрансляторы, аналогичный подход, по видимому, имеет место и в живых клетках.

Важной стороной проекта является обеспечение переносимости между различными типами клеток. Конечная цель — создание аналога того, чем для компьютерной индустрии стала виртуальная машина Java — способа запускать приложения в различных окружениях. Заимствование идей и удачных технических решений из Java является одной из особенностей проекта.

Команда приняла решение сделать проект открытым для того, чтобы дать возможность исследователям из других лабораторий использовать и улучшать этот язык.

>>> Подробности

UGENE — это свободное ПО для работы молекулярного биолога.

UGENE отлично работает на Windows, Mac OS X, Linux и очень прост в установке и использовании. Обладает русскоязычным интерфейсом.

Лицензия: GPLv2

Основные возможности:

• Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3,4 и KAlign
• Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3
• Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3
• Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED
• Филогенетический анализ с помощью Phylip
• Поиск сайтов рестрикции
• Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов
• Сборка контигов с помощью Bowtie
• Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON
• Поиск открытых рамок считывания
• Обратная трансляция белков
• Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Основные изменения:

• Поддержка клонирования in silico. Теперь, используя UGENE, можно моделировать эксперименты генной инженерии: автоматически разбивать последовательности на фрагменты и конструировать новые молекулы из заданных фрагментов.
• Новый инструмент: конструктор запросов. Этот инструмент позволяет анализировать и строить комплексные запросы. Алгоритмы в запросах согласуются с помощью наборов простых правил и логических выражений.
• Высокопроизводительные вычисления: поддержка OpenCL.
• Конструктор вычислительных схем: новый легко-читаемый текстовый формат и язык описания схем.
• Улучшения интерфейса: система всплывающих сообщений.
• Поддержка внешних программ: BLAST+ и T-Coffee.
• Редактор множественных выравниваний: трансляция нуклеотидного выравнивания в аминокислотное.
• Удалённые базы данных: поддержка запросов.

>>> Подробности