LINUX.ORG.RU

Молекулярное моделлирование - Unix way


0

0

К своим программам, надо было изменять различные
параметры в иследуеммых молекулах. Автоматизировать
эту задачу не легко, так как каждый параметр зависит от очень
многих факторов. Вот мое решение проблеммы (все склеенно перлом):
1. берется файл с молекулой
2. вычесляется таблица связей (отдельная программа в С++)
3. вызывается rasmol, используя IPC::Open2. Нажатие на атом в rasmol-е
выдает сообщения на stdout, которые ловятся и обрабатываются. Перловый
скрипт помечает текущий атом и все нужные делу атомы и связи,
спрашивает как изменить параметры данного атома и готовит
файл параметров, который послужит вводом для действительно серьезных
програм.

Система: dual Xeon, mandrake 10.1 OE, КДЕ 3.2.3
Таскбар (а.к.а кикер) свернут в сторону
rasmol: http://www.rasmol.org/ (очень легкая и шустрая программа дла
визуализации молекул в формате PDB)

>>> Просмотр (1024x768, 101 Kb)



Проверено: Demetrio ()

Re: Молекулярное моделлирование - Unix way

чо там за херня в мыле плавает?

anonymous ()

Re: Молекулярное моделлирование - Unix way

Какой еще linux софт, кроме rasmol, используете в работе?

anonymous ()

Re: Молекулярное моделлирование - Unix way

VMD, PYMOL не катит? PyMol помоему все это делать умеет, и вообще скриптуй его как хошь, Python как никак, я вот с VMD сейчас стараюсь перелезть на Pymol.

LX ★★ ()

Re: Молекулярное моделлирование - Unix way

а molden, molekel, gopenmol религия не позволяет использовать ?что подразумевается под действительно серьезными программами ?
вообщем если Вам надобно менять длины связей, углы [как валетнтые так и диэдральные, то molden вполне], если надо конвертить файлы из формата одной квантовохимической проги в другую - babel в помощь. но потом напильник и дотачиваем инпут файл + не забываем про Fiendly опции. Опять же, если Ваша серьезность на уровне MOLPRO, DALTON,COLUMBUS,CADPAC,GAMESS-UK,ACES-II ... к примеру, то только чтение документации поможет.
Да, ECCE хорошая вещь [EMSL Basis Set Library прошит в нем], WebMO в триале вполне.

$echo.

anonymous ()

Re: Молекулярное моделлирование - Unix way

матрица смежности выдается любой программой.. если ф что.

anonymous ()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.