А сколько весит ваш ~/.kde/share/config/plasma-desktop-appletsrc?
23 килобайта, но вообще напрягает, что там хранятся настройки плазмоидов, которые 100500 лет назад были установлены и удалены. И, похоже, даже если их вернуть, то они не подхватятся, а будет создана новая секция.