Чем вы руководствовались при выборе gtk или qt- based system?) Или у вас стоят и те и другие библиотеки?
В моем случае все было просто: мне позарез нужен firefox и gimp, а они в моей gentoo тянут gtk... соответственно - qt не нужен, т.к. нету для меня ультимативных qtшных приложений