repository: 1) репозитОрий; репозитАрий (разделяемая (инструментальными средствами и системами) корпоративная база данных, содержащая информацию об артефактах проектирования, корпоративное надмножество словарей метаданных (abbyy lingvo)
Слово иностранное, как все привыкли говорить - так и правильно. Логично также предположить, что лучше всего говорить исходя из английской транскрипции. То есть, "репозитОрий".
А gramota.ru это чем-то объясняет? Тут как-то в подобном вопросе был ответ, что всё зависит от того какое переводное слово первым вспомнилось переводчику, и возможен даже вариант "репозитерий".
Кстати, google.ru показывает, что "репозиторий" употребляется чаще чем "репозитарий", так что если опереться на носителей языка, то выходит "репозиторий".
> Кстати, google.ru показывает, что "репозиторий" употребляется чаще чем "репозитарий", так что если опереться на носителей языка, то выходит "репозиторий".
По аналогии с банковским депозиторием хранилище следует называть репозиторием. По аналогии с банковским депозитарием того, кто кладёт туда программы можно назвать репозитарием.