Имхо, сертификация ФАПСИ требуется только для приложений, связанных с гостайной. А так - хоть OpenBSD или OS/400 ставь, никто ничего не скажет. По крайней мере в KZ так. Ну и ФАПСИ как самостоятельной структуры уже давно нет. По-моему ASPLinux Server Edition 7.3 и Alt Linux "Утес-К" и на этом всё. Но эти дистрибутивы довольно-таки старые(основаны на RedHat 7.3).
Самый сертифицированный - это пожалуй МСВС (сертифицирован как ФАПСИ так и МО). Сертификаты у ALT и ASP уже просрочены. Недавно мелькало сообщение что ИБМ у нас сертифицирует RedHat на своем железе.