Насчет http://www.linux.org.ru/books/lor-faq/lorFAQ-20.html#ss20.3 и http://www.linux.org.ru/jump-message.jsp?msgid=1180872
Проблемы пропали после того, как я убрал -u1. Из мануала hdparm:
As noted above, the -m sectcount and -u 1 options should be used with caution at first, preferably on a read-only filesystem. Most drives work well with these features, but a few drive/controller combinations are not 100% compatible. Filesystem corruption may result. Backup everything before experimenting!
Думается, это стоило бы оговорить в FAQ.