Как тут уже правильно подсказали разрабы используют утилиту catalist.
Можно также начучить portage собирать пакеты в заданный каталог.
Вот здесь можно подсмотреть как. Скрипт xmerge. В общемто там все просто.
Но сразу могу сказать, что будет немало затыков. Прежде всего нужно не забыть про USE=build/bootstrap если их ещё не дропнули.
А вообще овчинка выделки не стоит. Просто взяв stage3 и пересобрав его со своими настройками получите то же самое.
Единственное для чего стоит так заморачиваться это разве что сборка кросскомпилированной системы для другой архитектуры, для которой нет готовых стейджей.