Обновление через eselect

И что из написанного по ссылке тебе не понятно?

Ну… для начала непонятно, что выбирать в этом списке.

К примеру я выбрал.. а дальше чего делать?

Читаю вот эту тему https://forum.calculate-linux.org/t/eselect-layman/9878

И понимаю, что там не всё так просто…

Мне не нужно обновлять отдельно программы, я хочу обновить всю систему..

С помощью eselect ты подключаешь репозитории, ставишь оттуда софт. Обновления накатываешь также, как и обычно, тут разницы вообще нет и быть не может