Samba без /etc/passwd

Может

> Можно ли у этих пользователей позакрывать unix пароли?

Можно

> смущает возможность существования любых пользователей в системе отличных от меня любимого и root'a.

Зря - ssh не пустит юзера с неверным шеллом и заблокированным UNIX-паролем. FTP тоже. Тебя же юзеры xfs, apache и mysql не смущают? :-)

> К мануалам не отсылать - читал, не въехал.

Тогда инвертируй все данные мной ответы :-)