Как безопасно компилить и инсталить?

Давно хотел спросить как безопасно скомпилить и поставить программу, что бы "ничего не было задето", достаточто ли делать под юзером configure --prefix=/home/user ну и соотвественно make make install. Если это гуд, бывают ли исключения, например большой KDE в user папку скомпилить и заюзать? Иногда хочется поэксперементировать но чуствую неуверенность.