Для Red Hat 7.0 ATA100 запускал таким образом :
1) установил Linux на обычном IDE-шлейфе 2) сгенерил ядро 2.4.4 для _PDC202XX
3) lilo.conf : root= /dev/hde3 (a,b,c,d=старые IDE)
ТОЛЬКО ЗДЕСЬ - "boot=" не правишь 4) /sbin/lilo для закрепления замысла
5) переключил диск на спец. шлейф к новому разъему 6) после перезагрузки
снова правишь lilo.conf - везде должны быть /dev/hde
bonus : возможны проблемы с pppd - я генерировал ppp 2.4.1b2 ...