1) Проводить в single mode, иначе есть вероятность снести инфо с винта нах.
2) Результат зависит от чипсета (на intel обычно проблем нет).
3) Не задирать сразу ata100, а пошагово (просто dma, udma33, udma66, ata100). После каждой установки проводить проверку путем копирования какого-либо толстого файла с проверкой корректности (например, сравнение md5).
4) Обычно за глаза хватает hdparm -d1 -u1 -k1 (если железо не с помойки).