как узнать, какие пакеты в системе установлены из каких оверлеев?

Ну, emerge -pv <pkg> показывает название оверлея если пакет установлен из оверлея.

eix -I --only-names --in-overlay БНОПНЯ не благодари.

Если тебе нужен полный список пакетов, то можешь набросать простой скрипт, парсящий /var/db/pkg/<category>/<pkg>/repository

eix --help

постоянно забываю про eix, спасибо.

постоянно забываю про eix, спасибо.

Воооот! Именно поэтому я вот подобную фигню записываю в файлик.

man emerge
man portage