Существует ли файловая система, которая мутём монтирования позволяет накладывать патч?
ну, т.е. примерно так:
mount -t patchfs -o source=/source/file,patch=/patch/file none /patched/file
Т.е. идея не в том, чтобы просто наложить патч, а чтобы при изменении исходного файла, эти изменения учитывались бы в пропатченном файле.