В какой момент установки CentOS просит выбрать HDD куда ее ставить?

в подходящий.

в неожиданный.

в засекреченный.

CentOS сам выберет наиболее подходящий ему раздел, просто расслабься и получай удовольствие.

то-есть если я сменил файловую систему своих хдд с фат32 на линукс екс3, то система теперь нормально встанет на 1 из этих хдд? а не на флешку с которой я как раз устанавливался

Поход в магазин за дополнительным накопителем спасет твои волосы от поседения и тонн перхоти.

Еще как спрашивает!

http://goo.gl/oF5nN вместо тебя погуглил, не благодари.

Благодарю ок да. Реально вот сейчас спас ...

ЕМНИП, у разных версий CentOS инсталляторы немного отличаются и немного отличается их поведение в зависимости от режима текстовый/графический.

Лучше всего сделайте себе виртуалку или возмите старый компьютер и попробуйте сначала поставить CentOS на него, а уже потом ставить на удалённый сервер.