Потому-что windows резолвит имена не только по DNS, но и по NetBios(wins к примеру).
Поправь в /etc/nsswitch.conf в раздел
hosts на
hosts: files dns wins
и ты тоже будешь резолвить имена по нетбиосу(ИМХО, если включен винс-сервер, хотя могу и ошибаться - т.е. без него)