Параметры специфические для каждой программы, или их имена в большинстве случаев одинаковые? (как например --prefix - указание диры, куда будет помещена программа после сборки)
AFAIK CFLAGS задает опции компиляции для компилятора gcc и соответственно для программ, написанныйх на Си, а CXXFLAGS для g++ и программа на С++. Также при указании -march опцию -mcpu можно не указывать, если они одинаковые...