Что за интерфейс agpgart?

Все просто. Драйверы Nvidia подключаются к интерфейсу поддержки AGP (иначе твой слот будет работать как обычный PCI).

Драйверу nvidia можно сказать использовать свою внутреннюю поддержку agp (читай доки на предмет опции NvAGP - вроде 1 надо поставить). Но она поддерживает далеко не все чипсеты.

>chipset agpgart: unable to determine aperture size.

Похоже, что у тебя драйвер 6629, возьми патч (на nvidia.com).

К agpgart у тебя еще должен грузиться драйвер поддержки чипсета матери (и он его должен вызывать, собственно). В 2.4 это делается автоматом, в 2.6 или не модулем собирать, или пробовать на старте.